Как заставить цикл ждать ? - C (Си)

Есть массив времён которые обрабатываются в цикле. В теле цикла запускается таймер который по окончании работы вызывает прерывание. проблема в том что цикл не хочет ждать таймер.

alarmFlag = 0u;

for(i = 0u; i < MAX; i++)
{
if (alarmFlag == 1u)
{
Run_Timer(i);
alarmFlag = 0u;
}
}

..........
void AlarmerIsrHandler(void)
{
Timer_Stop();
alarmFlag = 1u;
}